Pada Disember 2002, Muklas telah ditangkap sambil bersembunyi di Jawa. Dia mengaku kepada polis bahawa dia adalah ketua salah satu daripada empat sel-sel Jemaah Islamiah dan telah mengarahkan pengeboman Bali. Beliau mengakui untuk hadir dan arahan pada mesyuarat perancangan untuk pengeboman Bali, dan bahawa dia telah direkrut dua saudara-saudaranya untuk membantu memasang dan mengangkut bom yang digunakan dalam serangan-serangan tersebut.

Dia juga mengakui bahawa pemimpin lain Jemaah Islamiah Riduan Isamuddin, (juga dikenali sebagai Hambali), telah menyediakan dana untuk serangan-serangan tersebut. Dalam transkrip wawancara polis dia menerangkan;

"Saya tidak tahu pasti sumber wang tersebut dari Hambali, besar kemungkinan ia adalah dari Afghanistan, yang, dari Sheikh Osama bin Laden. Setakat yang saya tahu, Hambali tidak mempunyai sumber dana kecuali dari Afghanistan."

Seorang pemimpin JI di Malaysia, Wan Min bin Wan Mat, kemudian diturunkan kepada polis bahawa dia telah memberikan Muklas tunai berjumlah kira-kira AS $ 35,000 untuk menjalani pembedahan, pada permintaan Hambali. Beliau juga menegaskan bahawa wang telah datang secara langsung daripada al-Qaeda, dan bahawa wang itu tidak hanya akan digunakan untuk pengeboman di Bali, tetapi juga untuk serangan lain di Indonesia.[4]

Pada perbicaraannya, 200 saksi-saksi berkaitan Muklas dengan serangan-serangan tersebut.